• Dr. Xevi Biarnés Fontal

Dr. Xevi Biarnés Fontal
Laboratori de Bioquímica. Unitat de Bioinformàtica i Modelització Molecular

Grup de Química Biològica i Biotecnologia (GQBB)
IQS School of Engineering
Universitat Ramon Llull
Via Augusta 390, E-08017 Barcelona, Spain
Tel. +34 93 267 20 00
Fax +34 93 205 62 66

email: 
xavier.biarnes@iqs.url.edu

Doctor per la Universitat de Barcelona (2007), Postgrau en Bioinformàtica i Genòmica Computacional (Universitat Oberta de Catalunya, 2008), Llicenciat en Química (IQS, 2003). Post-doctorat en Bioinformàtica Estructural (International School for Advanced Studies – SISSA, 2008-2010).
Professor titular 2017
Col·laborador d'Investigació, 2010 - 2013
 

Assignatures

Bioinformàtica (Grau en Biotecnologia)
Bioinformàtica Avançada (Màster en Bioenginyeria)
Modelització i Simulació de Biomolècules (Màster en Bioenginyeria)
Informàtica i Càlcul Numèric (Grau en Biotecnologia)

 

 

Linies de recerca

  • Anàlisi bioinformàtica de genomes
  • Bioinformàtica estructural
  • Modelització molecular de macromolècules
  • Disseny racional d’enzims
  • Simulació de processos biològics a nivell atomístic

 

Publicacions rellevants

Llista actualitzada de publicacions i vincles als resums i texts principals: https://scholar.google.es/citations?user=Yj6xIHIAAAAJ
 
Benetti F, Biarnés X, Attanasio F, Giachin G, Rizzarelli E, Legname G. (2014) "Structural determinants in prion protein folding and stability". Journal of Molecular Biology 426, 3796-3810.
 
Andrés E, Albesa-Jové D, Biarnés X, Moerschbacher BM, Guerin ME, Planas A. (2014) "Structural basis of chitin oligosaccharide deacetylation". Angewandte Chemie International Edition, 53,  6882-6887.
 
Athanasakis E, Licastro D, Faletra, Fabretto A, Dipresa S, Vozzi D, Morgan A, d'Adamo AP, Pecile V, Biarnés X, Gasparini P. (2014) "Next generation sequencing in nonsyndromic intellectual disability: From a negative molecular karyotype to a possible causative mutation detection". American Journal of Medical Genetics Part A 164, 170-176.
 
Romero-García J, Francisco C, Biarnés X, Planas A. (2013) Structure-Function Features of a Mycoplasma Glycolipid Synthase Derived from Structural Data Integration, Molecular Simulations, and Mutational Analysis. PloS one 8, e81990.
 
Baftizadeh F, Pietrucci F, Biarnes X, Laio A. (2013) “Nucleation Process of a Fibril Precursor in the C-Terminal Segment of Amyloid-beta”. Physical Review Letters, 110, 168103.
 
Biarnes X, Pietrucci F, Marinelli F, Laio A. (2012) “METAGUI. A VMD interface for analyzing metadynamics and molecular dynamics simulations”. Computer Physics Communications, 183, 203-211.
 
Biarnés X, Ardevol A, Iglesias-Fernández J, Planas A, Rovira C. (2011) "Catalytic itinerary in 1, 3-1, 4-?-glucanase unraveled by QM/MM metadynamics. Charge is not yet fully developed at the oxocarbenium ion-like transition state". Journal of the American Chemical Society 133, 20301-20309.
 
Biarnés X, Bongarzone S, Vittorio-Vargiu A, Carloni P, Ruggerone P. (2011) “Molecular motions in drug design: the coming age of the metadynamics method”. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 25, 395-402.
 
Biarnés X, Marchiori A, Giorgetti A, Carloni P, Born S, Behrens M, Meyerhof W. (2010) “Insights into the Binding of Phenyltiocarbamide (PTC) Agonist to Its Target Human TAS2R38 Bitter Receptor”. PLoS One, 5, e12394.
 
Kranjc A, Bongarzone S, Rossetti G, Biarnés X, Legname G, Cavalli A, Bolognesi ML, Roberti M, Carloni P. (2009) “Docking Ligands on Protein Surfaces: The Case Study of Prion Protein”. Journal Of Chemical Theory And Computation, 5, 2565-2573.
 
Biarnés X, Ardèvol A, Planas A, Rovira C, Laio A, Parrinello M. (2007) “The conformational free energy landscape of beta-D-glucopyranose. Implications for substrate preactivation in beta-glucoside hydrolases”. Journal of the American Chemical Society, 129, 10686-10693.
 

 

Grups de recerca

Grup de Química Biològica i Biotecnologia (GQBB)